我国对生态环境的重视程度促使环境监测实验室监测的对象越来越复杂，频次越来越紧密，监测过程中也必然会产生大量的废水和各种复杂的污染物。实验室废水主要来自以下4个地方：
(1)污染源废水监测后的剩余样品;
(2)实验过程中使用的化学试剂、标准样品、标准溶液等，以及过期的化学试剂溶液等;
(3)化学分析中试剂样品经过显色、滴定等一系列的检测工作后产生的溶液;
(4)清洗废水。
环境监测实验室应加强治污能力，建立健全废水处理制度及相关规定，重视先进技术的推广应用。工作过程中，实验室工作人员应秉承绿色、环保、安全、健康的实验理念，以无毒替代有毒，以低毒替代高毒，以少量替代大量。充分利用、循环使用、回收利用各类物质，将实验监测对环境的负面影响降到较小值。